Le mode d'emploi de la bouillie bordelaise est différent selon le type de plantes traitées.
Pour un usage en potager et pour obtenir de beaux fruits et légumes, on traite tous les 15 jours (en fonction du climat) à partir du milieu du printemps, la pomme de terre, la tomate, la vigne, et les fraisiers en veillant à ce que les fruits ne soient pas vaporisées (pour éviter de les teindre en bleu !).
Les traitements sont seulement préventifs, et doivent être réalisés avant la pluie. Ils sont « lessivés » par une pluie ou une aspersion de 20 à 40 mm [1], selon la formulation du produit. Cela veut dire qu'il faut recommencer le traitement dès qu'il a été lessivé.
Sur rosiers, arbres fruitiers, arbustes à feuillage caduque, on applique simplement un traitement préventif en automne (idéalement juste après la chute des feuilles) ou au tout début du printemps, juste avant l’apparition des premiers bourgeons. Dans les 2 cas, il est fortement conseillé de renouveler l’opération 2 à 3 fois à 15 jours d’intervalle. Ce traitement limitera la formation de champignons nuisibles au printemps.
La bouillie bordelaise ne protège que ce qu'elle couvre. En d'autres termes, la préparation adhérera mieux si on ajoute un litre de lait écrémé pour 10 litres de bouillie. Ceci permettra une meilleure fixation, et, par la même occasion, une meilleure résistance à la pluie.